La legge quadro 394/91 prevede il riconoscimento ufficiale, da parte dello Stato, delle aree protette rispondenti a determinati requisiti e stabilisce che presso il Ministero dell'Ambiente sia tenuto un Elenco ufficiale delle stesse (art. 5). L'iscrizione nell'elenco avviene secondo criteri definiti dal Comitato per le aree naturali protette (art. 3) ed è condizione per l'assegnazione di finanziamenti da parte dello Stato, attraverso il Piano triennale delle aree protette.

Il primo Elenco è stato approvato dal Comitato per le aree naturali protette con Deliberazione 21 dicembre 1993, il secondo con Deliberazione 18 dicembre 1995, il terzo con deliberazione dicembre 1997.

Attualmente il sistema delle aree naturali protette è classificato come segue:

Parchi nazionali

I Parchi nazionali sono costituiti da aree terrestri, fluviali, lacuali o marine che contengono uno o più ecosistemi intatti o anche parzialmente alterati da interventi antropici, una o più formazioni fisiche, geologiche, geomorfologiche, biologiche, di rilievo internazionale o nazionale per valori naturalistici, scientifici, estetici, culturali, educativi e ricreativi tali da richiedere l'intervento dello Stato ai fini della loro conservazione per le generazioni presenti e future.

Parchi naturali regionali e interregionali

I Parchi naturali regionali o interregionali sono costituiti da aree terrestri, fluviali, lacuali ed eventualmente da tratti di mare prospicenti la costa, di valore naturalistico e ambientale, che costituiscono, nell'ambito di una o più regioni limitrofe, un sistema omogeneo, individuato dagli assetti naturalistici dei luoghi, dai valori paesaggistici e artistici e dalle tradizioni culturali delle popolazioni locali.

Riserve naturali

Le Riserve naturali sono costituite da aree terrestri, fluviali, lacuali o marine che contengono una o più specie naturalisticamente rilevanti della flora e della fauna, ovvero presentino uno o più ecosistemi importanti per la diversità biologica o per la conservazione delle risorse genetiche. Le riserve naturali possono essere statali o regionali in base alla rilevanza degli elementi naturalistici in esse rappresentati.

Zone umide di interesse internazionale

Le Zone umide di interesse internazione sono costituite da aree acquitrinose, paludi, torbiere oppure zone naturali o artificali d'acqua, permanenti o transitorie comprese zone di acqua marina la cui profondità, quando c'è bassa marea, non superi i sei metri che, per le loro caratteristiche, possono essere considerate di importanza internazionale ai sensi della convenzione di Ramsar.

Altre aree naturali protette

Altre aree naturali protette sono aree (oasi delle associazioni ambientaliste, parchi suburbani, ecc.) che non rientrano nelle precedenti classi. Si dividono in aree di gestione pubblica, istituite cioè con leggi regionali o provvedimenti equivalenti, e aree a gestione privata, istituite con provvediementi formali pubblici o con atti contrattuali quali concessioni o forme equivalenti.

Zone di protezione speciale (Zps)

Le Zone di protezione speciale designate ai sensi della direttiva 79/409/Cee, sono costituite da territori idonei per estensione e/o localizzazione geografica alla conservazione delle specie di uccelli di cui all'allegato I della direttiva citata, concernente la conservazione degli uccelli selvatici.

Zone speciali di conservazione (Zsc)

Le Zone speciali di consevazione sono designate ai sensi della direttiva 92/43/Cee e sono costituite da aree naturali, geograficamente definite e con superficie delimitata che:

1. contengono zone terrestri o acquatiche che si distinguono grazie alle loro caratteristiche geografiche, abiotiche e biotiche, naturali o seminaturali (habitat naturali) e che contribuiscono in modo significativo a conservare, o ripristinare, un tipo di habitat naturale o una specie della flora e della fauna selvatiche di cui all'allegato I e II della direttiva 92/43/Cee, relativa alla conservazione degli habitat naturali e seminaturali e della flora e della fauna selvatiche in uno stato soddisfacente a tutelare la diversità biologica nella regione paleartica mediante la protezione degli ambienti alpino, appenninico e mediterraneo;
2. sono designate dallo Stato mediante un atto regolamentare, amministrativo e/o contrattuale e nelle quali siano applicate le misure di conservazione necessarie al mantenimento o al ripristino, in uno stato di conservazione soddisfacente, degli habitat naturali e/o delle popolazioni delle specie per cui l'area naturale è designata.

Tali aree vengono indicate come Siti di importanza comunitaria (Sic).

Aree di reperimento terrestri e marine:

Le aree di reperimento terrestri e marine sono indicate dalle leggi 394/91 e 979/82, che costituiscono aree la cui conservazione attraverso l'istituzione di aree protette è considerata prioritaria.

A sua volta la Legge 394/91 e la Legge 979/82 e con gli ampliamenti previste dalle Leggi n. 344 dell'8 ottobre 1997 e la Legge n. 426 del 9 dicembre del 1998 hanno definito le Aree Marine protette, vale a dire: "Le riserve naturali marine sono costituite da ambienti marini, dati dalle acque, dai fondali e dai tratti di costa prospicienti che presentano un rilevante interesse per le caratteristiche naturali, geomorfologiche, fisiche, biochimiche con particolare riguardo alla flora e alla fauna marine e costiere e per l’importanza scientifica, ecologica, culturale, educativa ed economica che rivestono" (tit. V - art. 25 - L. 979/82).